UNESCO hefur tilnefnt röð staða sem tengjast köflóttri sögu kristinna í Japan til 16. og 19. aldar sem 18. menningararfleifð landsins. „Staðurinn“ samanstendur af 10 þorpum í norðvesturhluta Kyushu, auk rústum Hara-kastala - upphaflega reistur af Portúgölum - og St. Mary's Cathedral of the Immaculate Conception í borginni Nagasaki.

Vegna þess að iðkun kristinnar trúar var bönnuð í Japan til ársins 1873 dýrkuðu kristnir menn (þekktir sem Kakure Kirishitan) - og trúboðar dreifðu fagnaðarerindinu - í leyni. Það eru „leynilegar“ kirkjur staðanna í afskekktum „kristnum“ þorpum og einangruðum eyjum sem eru meginþáttur viðurkenningar UNESCO. Rústir Hara-kastala eru annar þáttur, þar sem portúgalskir og hollenskir trúboðar notuðu hann.

Eitt sýnilegasta dæmið um tilnefningu UNESCO er rómversk-kaþólska St. Mary dómkirkjan í Nagasaki - einnig þekkt sem dómkirkja óflekkaðrar getnaðar - byggð árið 1914 eftir að banni við kristni var aflétt. Upprunalega dómkirkjan var eyðilögð af kjarnorkusprengjunni sem féll á Nagasaki í ágúst 1945 og eftirmynd af frumritinu var vígð árið 1959. Styttur og gripir sem skemmdust í sprengjuárásinni, þar á meðal frönsk Angelus bjalla, eru nú sýndar á staðnum (og kl. dómkirkjan um óaðfinnanlegu getnaðinn). Nærliggjandi friðargarður inniheldur leifar af veggjum upprunalegu dómkirkjunnar. Oura kirkjan er önnur kaþólsk kirkja í Nagasaki. Byggt undir lok Edo-tímabilsins árið 1864 af frönskum trúboði fyrir vaxandi samfélag erlendra kaupmanna í borginni og er það talin elsta kristna kirkjan í Japan og ein mesta þjóðargersemi landsins.

Sögulega var Nagasaki lengi upphafsgönguleið útlendinga til Japans. Það var í Nagasaki árið 1859, eftir að Commodore Perry Bandaríkjanna beitti erindrekstri með byssubátum til að krefjast þess að yfir 200 ára gamalli einangrunarstefnu Japans yrði hætt, að stjórnarerindrekar frá löndum um allan heim komu til að krefjast þess að höfnin yrði opnuð fyrir viðskipti. Eftir það lýsti Meiji keisari yfir Nagasaki fríhöfn árið 1859. Og það var Nagasaki sem var vettvangur skáldsögu John Luther Long frá 1898, Madame Butterfly, sem árið 1904 var breytt í óperu eftir Giacomo Puccini og er enn ein af heiminum ástsælustu óperur.